Có 2 nhóm biến chứng chính: biến chứng trong khi mổ và biến chứng sau mổ. Trong đó biến chứng sau mổ có tới 10 loại, khá phức tạp để xử lý, di chứng cũng rất đáng kể. Biến chứng trong khi mổ có thể loại bỏ tối đa nhờ tay nghề của phẫu thuật viên, chất lượng máy và dụng cụ phẫu thuật ngày một nâng cao. Ngược lại biến chứng sau mổ khá phức tạp, khó lường. Có thể kể đến
- Hiệu chỉnh non hoặc già quá
- Vạt giác mạc bị gấp nếp hay có khía
- Vạt bị xô lệch
- Kho mắt
- Viêm giác mạc khía lan tỏa
- Bệnh lý nhu mô do thay đổi áp lực
- Bệnh lý nhiễm độc giác mạc trung tâm
- Viêm giác mạc do nhiễm khuẩn
- Lộn biểu mô giác mạc
- Phình giãn giác mạc
Biến chứng trong và sau mổ đều có thể gây sẹo giác mạc. Lúc này có thể sửa chữa giác mạc bằng laser hoặc ghép giác mạc điều trị. Sẹo giác mạc là di chứng của biến chứng nặng, may thay rất rất hiếm gặp.